1990년 소련이 붕괴된 이후 러시아 연방은 ‘신앙의 자유(Свобода вероисповедания)’에 관한 법률을 실행했다. 그 결과 미등록 종교들이 합법적으로 종교 활동을 하기 시작했고 그 중에서 개신교는 확산되고 있다. 러시아에 현존하는 개신교의 종류는 다양하다. 루터 교회(Лютеранство), 칼뱅주의(Кальвинизм), 침례교(Баптизм), 오순절 교회(Пятидесятническая церковь), 장로교(Пресвитерианство), 감리교(Методизм) 등이 대표적이다. 러시아 로마노프 제국 시기부터 개신교는 러시아에 선교했으나 러시아인 대부분 정교를 믿기 때문에 그 영향력은 미미했다. 

러시아 복음주의 기독교인(침례교인) 세례식, 2008년, 블라디보스토크, 출처 : Википедии, Протестантизм в России

소비에트 공산주의 시기에 종교 탄압으로 인해 개신교의 활동은 불법화된 상태에서 개인의 가정집이나 비밀리에 이루어졌다. 소련이 해체된 후 개신교는 종교 활동의 자유를 얻어 교세를 넓히고 있는 실정이다. 그러나 러시아 정부는 러시아 정교회의 민족주의적인 정서가 러시아 국민 사이에 있다는 점과 정교회와의 우호적 관계를 고려하여 개신교의 활동에 대해 그다지 우호적이지는 않다. 그러한 결과로 인해 이른바 종교법이라 불리는 양심의 자유와 종교적 결사(Свобода совести и религиозных объединений)라는 러시아 연방 법률이 통과되었다. 

양심의 자유와 종교적 결사(Свобода совести и религиозных объединений) 법은 교회를 등록하게 하고, 이단을 방어하기 위한 목적이 있다. 양심의 자유와 종교적 결사(Свобода совести и религиозных объединений) 법의 핵심은 러시아 지역에서 현재 15년 이상 존재했거나 아니면 15년 이상 존재한 종교여야 하며 등록된 집단화 된 기관에 가입되었다는 것을 확증해야만 종교 활동을 보장한다는 것이다. 이러한 문제를 해결하기 위하여 개신교의 연합을 이루는 기관이 생겨났는데, 그것이 바로 ‘러시아 복음적 신앙의 크리스찬의 단결된 연합(РОСХВЕ)’이다.

이는 1998년 10월, 오순절 ‘하나님의 교회’ 교단과 여러 나라에서 들어온 선교사가 조직한 선교회들, 오순절 성향의 여러 종교 기관과 선교회가 대연합을 이루어 생겨났다. 1998년에는 10개 조직이 모여 연합을 구성했고, 2004년 6월에는 12개의 연합 또는 기관과 선교회 그리고 8개 관구의 지도 기관이 들어와 있다. 양심의 자유와 종교적 결사(Свобода совести и религиозных объединений) 법의 영향은 결과적으로 러시아 개신교회의 연합과 협력, 현지인 교회 지도자들과 선교사들의 협력을 이루게 했으며, 이단과 신흥 종교들의 악영향을 막는 역할을 했다. 더불어 법무부에 등록하여 합법적으로 종교 활동을 하게 하였다. 특히 루터파는 제정 러시아 시기에 전파되었고, 러시아인들을 위주로 종교 활동이 이루어지고 있다.

2024년 통계에 의하면 약 45만 명 이상의 신자와 1,900여 개 이상의 공동체로 이루어져 있다. 모스크바 신학 대학, 카렐 신학 대학, 시베리아 신학 대학 등 6개 대학이 있고 2,500명 이상이 공부하고 있다. 그런데 러시아 정교회는 지난 18년 전인, 2006년 스웨덴 루터교회가 지난해 10월 총회에서 동성 결혼을 인정하는 결정을 내리자 루터 교회와의 교류를 중단한다고 선언했다. 스웨덴 루터 교회 룰리아 교구 잉게르 아사-마르클룬드 국제‧에큐메니컬 담당자는 4월 14일 루터교 세계 연맹 소식지 '루터런 월드 인포메이션' 인터뷰에서, 룰리아 교구는 10년간 러시아 정교회 무르만스크-몬티예로그스크 교구와 공동으로 주일학교 컨퍼런스를 열고 환경보호 활동을 펼쳤다. 

그리고 환경보호단체와 정기적안 방문 교류를 해왔다며 지난 12월 러시아 정교회의 일방적인 단교 선언으로 중단된 두 교회의 지역 교류 활동이 회복되기를 바란다고 하였지만 러시아 정교회에서는 전혀 요지부동인 상황에 있다. 따라서 러시아에도 종교의 자유가 보장되며 다만, 동성애를 조장하는 교회와는 교류를 하지 않고 있다.