청일전쟁의 패배로 청나라는 일본에 2억 냥이 넘는 막대한 전쟁 배상금을 지불하고 영토까지 할양해야 했다. 이 2억 냥의 배상금은 당시 일본 정부의 4년 치 예산에 이를 정도의 거금이었다. 그 중에서 요동반도의 할양을 해야 하는 상황에서 러시아가 이를 반대했다. 부동항을 얻기 위해 사활을 걸던 러시아는 요동반도 끝에 위치한 천혜의 군항인 여순항을 일본이 차지하게 되면서, 일본의 세력 확대를 좋지 않게 여기던 러시아는 독일 제국과 프랑스를 끌어들여 일본에 삼국간섭을 하면서 일본으로 하여금 요동을 반환하도록 압박했다. 청일전쟁에서 일본군의 경복궁 점령 상태였던 조선의 고종(高宗)과 명성황후(明成皇后)는 러시아를 통해 일본의 침략을 방어해낼 수 있을 것으로 보고 러시아와의 외교를 돈독히 했다. 그리고 일본이 세운 친일내각이 실각되고 친러파가 대두하기 시작한다. 이에 일본은 을미사변(乙未事變)을 일으켜 명성황후를 살해하고 조선 조정에 다시 친일 내각을 집권시켰다.  1896년 2월 고종이 단행한 아관파천(俄館播遷)으로 인해 일본이 세운 친일내각이 몰락하고, 다시 친러 내각이 수립되자 일본은 러시아와 줄곧 협상을 벌이게 된다. 

«Варяг» после боя, покинутый командой, 출처 : Википедии, Бой у Чемульпо

1896년 5월의 베베르-고무라 각서(Меморандум Комуры–Вебера), 1896년 6월의 러시아-청나라 비밀협정, 그리고 3일 뒤 야마가타 아리토모(山縣有朋, 1838~1922)는 39도선에서 한국을 분할하자고 제안했으나 알렉세이 로바노프(Алексей Лобáнов-Росто́вский) 외상은 이를 반대했고, 대신 비밀조항에서 소요 사태가 발생했을 시 양국 군대를 파견할 수 있고 충돌을 막기 위해 중립지대를 설정할 수 있다는 야마가타-로바노프(Протокол Лобанова-Ямагаты) 의정서를 채택했다. 그 사이에 고종은 대한제국을 선포하고, 광무개혁(光武改革)을 추진했다. 1897년 11월 러시아와 밀약을 맺은 독일이 청나라의 산동반도 청도(靑島) 주변을 점령했고, 러시아는 1898년 3월, 청나라에게서 만주 중에서도 요충지인 여순과 대련을 조차 받아 이곳을 포트 아르투르(Port Artur)로 칭하며 해군 기지 및 요새를 건설했다. 이후 한반도 방면에 자원을 투입할 여유가 사라진 러시아가 일본에게 양보하여 성립한 것이 1898년 4월에 일본에서 맺어진 로젠-니시 협정(Протокол Ниси - Розена, Токийский протокол)이었다. 이 협정에서 양국은 대한제국의 자주성을 인정하여 내정 간섭을 자제하면서도, 일본인들이 대한제국 내에서 이룩한 상업 관계 발전을 저해하지 않는다는 것이 골자로 대한제국 내 일본 경제권의 우위를 인정하고, 대신 만주 지역 러시아의 지배권을 인정했다.

1900년 청나라 북부에서 의화단 운동이 일어나자 자국의 국민들을 보호한다는 명분으로 러시아는 150,000명에 달하는 대군을 만주로 보내 점령하고, 시베리아 철도 건설을 시작했다. 이에 일본 및 서양 열강들은 러시아에 대한 경계심을 가지게 되었고, 특히 만주에서 중국과 무역 거래를 원했던 미국도 러시아의 만주 진출에 큰 불만을 품게 되었다. 러시아는 일시적으로 만주 철군을 발표했으나 아관파천으로 고종이 망명하고, 조선 정부에 친러 내각이 집권하는 등 러시아에게 유리해지자 다시 철회했다. 그러나 이렇게 대립이 심화되면서도 정작 러시아는 충분한 전쟁 준비가 되어 있지 않았다. 일례로 여순 요새도 선전으로만 외부에서 공략하기 요새였지, 실제로는 청일전쟁 당시 구축한 중국제 요새를 수복하고 약간 강화한 수준에 불과했으며, 게다가 상당 부분이 미완성이라 겉으로 보기에만 요새에 가까웠다. 여기에 더해서 유사시 유럽에 주둔한 병력과 물자, 장비를 보낼 시베리아 횡단철도는 대부분이 단선인데다가 아직 미완성이라 여러 곳에서 끊어진 상태였으며, 수송능력도 매우 낮았다. 결정적으로 바이칼 호 근방 시베리아 횡단철도 노선은 호수가 워낙 거대하고 주변 지형이 험준하여 수십 km 공백이 발생한 상태라 유사시에 사용하기에는 문제가 많은 철도였다. 

나중에 가면 겨울의 추위로 인해 얼어붙은 호수 위에 철도를 임시로 부설하는 상황이 일어나기도 했다. 물자 문제도 심각해서 석탄, 식량, 탄환, 무기, 옷 등 전쟁에 필요한 모든 것이 부족했다. 러시아 로마노프 제국은 군대를 팽창시키긴 했으나 러일전쟁의 주요 무대인 극동 지역은 모든 것이 부족한 상태였다. 항구의 경우 전함을 수리하기조차 어려운 실정이었다. 니콜라이 2세가 극동 총독 미하일 알렉세예프(Михаил Алексеев)에게 내린 훈령을 보면 일본이 백두산 천지까지 점령하더라도 허용할 것으로 되어 있을 정도였다. 그러나 한반도를 일본에 내주면 만주와 연해주가 위협받는다는 로만 로젠(Роман Розен)의 의견에 따라 전쟁 시 철군 계획을 철회하고, 1903년 압록강 국경 지대의 용암포를 무단으로 점령한 이후, 해군 기지를 건설하기 시작했으나 일본과 영국의 반대로 철폐했다. 1903년 8월 12일 주러 공사 쿠리노 신이치로(粟野愼一郞)가 한국을 완전히 일본 세력 하에 둘 것을 요구하고, 만주에서의 러시아의 권한을 철도 경영에 한정시키려고 했다. 10월 3일 대안에서 러시아 정부는 39도선 이북을 중립지대로 할 것을 제안했다. 물론 일본은 이 제안을 거절하면서 한반도와 만주를 분할하고, 남북 각 50km 중립지대를 설정하자고 제의했다. 이러한 러시아-일본 간의 교섭은 1904년 초까지 계속되었으나 성공하지 못했다. 

일본은 러시아의 전력을 세밀하게 관찰하여, 유럽에서 극동까지 동원되는 러시아 군은 약 100,000명에 불과하다고 평가했다. 당시 시베리아 철도는 미완성이었으며 단선이었기 때문에 1개 대대를 여순으로 보내는 데도 40여 일이나 걸렸을 정도로 멀었다. 러시아 극동군의 전력은 고작 100,000명 정도였는데 반해 일본군은 약 250,000명을 전선에 투입할 수 있었기에 숫적인 우위를 차지할 수 있었다. 일본의 입장에서 본다면 비록 전체적인 전력으로 보면 러시아가 일본보다 훨씬 강력했지만 7,000km가 넘는 극동까지 군대를 보내 전쟁을 벌일 수 없었기 때문에, 러시아 군이 본격적으로 작전에 나서기 전에 극동의 교두보를 강습해 제압한 다음 협상을 제안하면 승산이 있다고 보았다. 반면 일본은 무엇보다 전장에서 매우 가까운 거리에 위치했으며, 1904년 1월 21일 중립을 선언한 대한제국에 군대를 상륙시키고, 이후 한일의정서(韓日議定書)를 강제로 체결하면서 요충지를 차지했다. 영국도 역시 러시아의 남하정책 저지를 위해 일본에 막대한 차관을 저리로 지원했다. 일본은 전시 동원체제의 확립과 아시아주의라는 이념으로 무장하여 단결했으며 만주 지역에 대한 대러시아 첩보망을 갖춰 놓은 상태였다. 러시아의 전쟁 준비가 안 된 것을 간파한 일본은 1904년 2월에 전쟁을 개시하게 된다. 

1904년 2월 6일 오전 4시 일본 해군은 부산항에 정박한 러시아 상선을 나포하고 이후 부산에 상륙, 오후1시 30분에는 부산의 대한제국 소속의 전신국을 점령했다. 이어 울산 앞바다에서도 러시아 상선 1척을 나포하고 마산에 상륙해 점령했다. 이어 일본 해군은 인천과 원산으로 이동하게 된다. 1904년 2월 8일부터 9일 사이에 대한제국의 제물포와 주변 해역에서 벌어진 전투는 인천 해전, 또는 인천 전투라고 불리고 있다. 이 전투는 러시아와 일본이 벌인 첫 전투였으며, 일본이 선전포고 없이 기습 공격을 가한 것이 특징이었다. 청일전쟁, 태평양 전쟁의 진주만 공습도 선전포고 없이 기습 공격으로 이루어졌다. 대한제국에 대한 영향력을 확대시키던 러시아는 블라디보스토크로부터 제물포, 여순항에 이르기까지 제1 태평양 함대를 주둔하고 있었다. 이에 일본 연합 함대의 제독인 우류 소토키치(瓜生外吉, 1857~1937)는 여순항을 공격하려는 도고 헤이하치로(東郷平八郎, 1848~1934) 제독의 명령을 받아 6척의 순양함과 2,500명의 병력으로 제물포에서 러시아 함대를 격파하기로 했다. 특히 일본의 방호 순양함 지요다(千代田)는 10개월 동안 제물포에 주둔하고 있었기 때문에 같이 주둔한 러시아의 방호순양함 바랴크(Варяг)와 포함 코리예츠(Кореец)에 대해 잘 알고 있었다.

전투 직전인 1904년 2월 7일, 일본 연합 함대의 대규모 무력 전단을 본 러시아의 포함 코리예츠는 여순항에 지원 요청을 보냈다. 2월 8일 이른 아침 코리예츠는 외해로 나가려 했으나 일본 해군이 이를 저지한다. 이 때 코리예츠와 순양함 지요다가 접전하여 서로 포와 어뢰를 사격함으로써 화재가 발생했다. 코리예츠는 항구에서 퇴각했고, 지요다는 우류 제독의 소대와 접선했으며, 영국의 HMS 탤봇(HMS Telbot), 프랑스의 파스칼(Paskal), 이탈리아의 엘바(Elba), 미국의 USS 빅스버그(USS Biksberg) 등이 정박한 중립 국가 함선에서 일본 해군에게 항의했으나 오히려 일본 함대의 위협을 받고 피신했다. 우류 제독은 경순양함 지요다, 다카치(高千穂) 호, 아사마(浅間), 나니와(難波), 니이타카(新高), 아카시와(明石) 어뢰정 4척을 이끌고 3,000명의 군사들을 제물포에 상륙시켰으며 일본 군대는 제물포로부터 이동하여 서울을 함락시키고 대한제국의 나머지 부분마저 점령하는데 성공했다. 그리고 2월 9일 오후까지 14:2로 일본군과 러시아군이 전투를 벌여 대포와 어뢰정을 이용, 두 전함에 큰 피해를 입혔다. 1899년에 그는 공식적으로 동아시아 함대의 사령관이 되었으며, 동년에 대한제국을 방문하여 한국 역사상 두 번째 서양 국빈이 되었다. 

실록에는 영어식으로 발음하여 헨리 친왕이라고 나온다. 그에 대한 대접은 극진했고, 하인리히 왕자도 고종 황제에 대해 호평을 했지만 동시에 여러 사건 때문에 동정심을 자아낸다고 평하기도 했다. 이후 하인리히 왕자가 출국할 때 고종황제는 여러 가지 선물을 주었다. 1904년에는 대훈위 금척대수장을 수훈 받았다.

 이후 일본군은 바랴크에 승선하여 사관생도인 알렉세이 니로드(Алексей Нирод)를 포함한 승조원들을 학살했으며 이 당시 부상을 입은 러시아 군 병사들을 돕던 조선인들까지 일본군이 전부 학살했다. 그러자 바랴크과 코리예츠의 승조원들은 전함이 일본에게 나포 당할 것을 우려해 두 전함을 자침시켰다. 이어 일본군은 제물포 항에 55,000명의 병력을 상륙시켰고, 서울과 경운궁을 점령하고 용산에 주둔하게 된다. 대한제국 각지의 요충 항구들을 점령한 일본군은 한반도를 쉽게 장악할 수 있었다. 그리고 3일 후인 2월 12일에 러시아 공사가 철수함에 따라 대한제국과 러시아는 국교가 단절되었다.