1410년 튜튼 기사단이 폴란드-리투아니아 동군연합과의 그룬발트 전투에서 패배한 이후 몰락하고 영지가 프로이센으로 세속화하자, 다시금 독립하여 독자적인 세력으로 남아 인근의 영주들과 리보니아 연맹을 구성하였다. 그러나 리보니아 전쟁이 발발하여 1560년 모스크바 대공국의 침입을 받고 대패해 완전히 해체되었다. 이후 마지막 기사단장인 고트할트 케틀러는 1561년까지 직위를 유지하다가 루터교로 개종해 세속화하고 쿠를란트-젬갈렌의 대공이 되었으나 모스크바 대공국의 압박에 대처하여 폴란드-리투아니아 연합과 종속협약서를 체결하여 연합의 세력권으로 편입되었다.

15세기 후반 독일의 필사본인 '하우스부흐 폰 슐로스 볼페크(Hausbuch von Schloss Wolfegg)'에 수록된 리보니아의 중세 공중목욕탕(Badehaus), 출처 : www.wga.hu

이후 리보니아는 리보니아 연맹, 리보니아 공국 등으로 계승되었다. 독일 식민지들은 덴마크가 장악한 에스토니아 북부 외 대부분 지역을 장악하였고 이를 테라 마리아나(Tera mariana)라고 불렀다. 당시 리보니아는 독일인 지주와 상공업자가 사회 상류층을 차지하였으며 발트어족과 우랄어족에 해당하는 여러 피정복 민족들은 피지배층 농노로 무거운 조세를 부담하였다. 독일어를 구사하지 못하면 신분 상승은 불가능했으며, 근대 이전의 경우 교육을 받은 현지인들은 대개 독일인과 동화되었다.

명목상 이 지역은 선교를 위한 십자군 운동의 일환으로 정복되었으나, 독일인 지주들은 현지인 농노들을 착취하는데만 관심이 있었고 기독교 교리를 농노들에게 설명해주는데는 대개 무관심했다. 현지인 농노들은 일요일에는 교회를 가고 평일에는 토속 신앙을 믿는 이중 신앙 생활을 했다. 라트비아 일대는 이런 이중 신앙 생활이 16세기에도 흔했던 걸로 기록되었고, 에스토니아 일대는 19세기까지 지속되었다. 발트 십자군의 이름의 기원이 된 리보니아인의 경우는 더 심했는데 리보니아어로 성경이 번역되기 시작한 것은 19세기 중반부터였다. 

이미 당시 리브어를 사용하는 리보니아인은 주변 민족과의 동화 및 억압적인 식민 지배로 인구가 많이 감소한 상황이었다. 이후 이 지역에는 폴란드-리투아니아 연방과 스웨덴, 모스크바 대공국 등이 지배권을 놓고 경합을 벌이다 결국 모스크바 대공국의 후신인 근대 러시아 로마노프 제국이 이 지역을 점령하였다. 러시아 제국은 독일인 지주들의 권위를 약화시킬 목적 겸 현지인 다수를 구성하는 민족 이름을 따서 이 지역 이름을 라트비아와 에스토니아로 개명한다.